Najwyższa Izba Kontroli poinformowała, że Agencja Własności Rolnej nie dbała należycie o interesy Skarbu Państwa. Na 100 spółek z udziałem Agencji tylko 6 odprowadzało zyski. Przeprowadzona w latach 1999-2001 kontrola NIK wykazała, że spółki ukrywały zyski, by jak najmniej pieniędzy odprowadzić do Skarbu Państwa, a Agencja Własności inwestowała w spółki bez uprzedniego przeprowadzenia analiz opłacalności tych inwestycji.
Najwięcej nieprawidłowości związanych jest z obrotem nieruchomościami. Zdaniem kontrolerów, przy sprzedaży nieruchomości doszło do niegospodarności i nierzetelności. Nie przestrzegano też ustawy o zamówieniach publicznych. Mechanizm był następujący: Agencja Własności Rolnej Skarbu Państwa powołała spółkę Towarzystwo Obrotu Nieruchomościami „Agro” SA, która miała wyręczać Agencję w sprzedaży gruntów; AWRSP sprzedawała firmie "Agro" atrakcyjne tereny w pobliżu wielkich miast po zaniżonych cenach. Po uzyskaniu zgody na zabudowę gruntu, spółka odsprzedawała go, uzyskując nawet 10 razy wyższą cenę. Do Agencji Własności Rolnej wpływały wielokrotnie niższe dywidendy.
O nieprawidłowościach NIK już poinformował prokuraturę i organy podatkowe. Przedstawiciele Agencji nie zgadzają się z zarzutami Izby i uważają, że raport jest jednostronny.