Prezes Agencji tworzy i znosi oddziały terenowe, a także określa terytorialny i przedmiotowy zakres ich działania.
Pracami oddziału kieruje dyrektor, reprezentujący oddział na zewnątrz oraz odpowiedzialny przed Prezesem Agencji i działający w granicach określonych przez statut i pełnomocnictwa udzielane przez Prezesa Agencji.
Prezes Agencji koordynuje działalność oddziałów oraz kontroluje i nadzoruje pracę dyrektorów.
Strukturę oddziału terenowego określa regulamin organizacyjny, ustalony przez dyrektora i zatwierdzony przez Prezesa Agencji.
Do zadań oddziałów terenowych należą w szczególności następujące sprawy:
Pierwotna struktura organizacyjna AWRSP, składająca się z 14 oddziałów terenowych została ustalona zarządzeniem Prezesa w marcu 1992 r. Na jej kształt istotny wpływ miała ilość majątku powierzonego Agencji do przejęcia oraz jego rozmieszczenie.
Utworzenie oddziałów terenowych w 1992 r. nie zamknęło możliwości dostosowywania struktur organizacyjnych do regionalnych potrzeb.
Aktualny stan organizacji Agencji został dostosowany do nowego podziału administracyjnego kraju, do granic obecnych województw. Zgodnie z zarządzenie Prezesa Agencji od 1 kwietnia 1999 r. struktura organizacyjna AWRSP składa się z jedenastu oddziałów. Ich obszar działania i siedziby przedstawiono na mapie.