Wątpliwości wynikające z możliwych różnych interpretacji zapisu Wieloletniej Umowy Finansowej, w zakresie wliczania VAT jako kosztu kwalifikowanego w programie SAPARD, omówiono w specjalnym komunikacie Ministerstwa Finansów.
MF poinformowało, że jedna z interpretacji zakłada, że VAT może być kosztem kwalifikowanym, gdy nie jest odzyskiwany przez beneficjenta, zaś druga – że podatek ten nie jest kosztem kwalifikowanym, jeśli może być odzyskany.
Powodem różnych interpretacji są nie dość precyzyjne zapisy Wieloletniej Umowy Finansowej, podpisanej pomiędzy Komisją Europejską a Rządem Polskim 25 stycznia 2001 roku. W piśmie z 27 kwietnia 2004 r. Krajowy Urzędnik Zatwierdzający zwraca się z prośbą o wyjaśnienie wątpliwości interpretacyjnych dotyczących kwalifikowania VAT. Do chwili obecnej nie znamy stanowiska KE w tej kwestii – poinformowało ministerstwo. Jednocześnie w komunikacie MF podkreślono, że wspomniane wątpliwości nie wpływają na bieżące funkcjonowanie programu SAPARD ani na poziom absorpcji środków z tego programu. Nie ma także obecnie podstaw, aby Krajowy Urzędnik Zatwierdzający z tego powodu mógł rozważać cofnięcie akredytacji dla ARiMR.