Rolnicy, którzy realizują program rolnośrodowiskowy są bezwzględnie zobowiązani do przestrzegania zasad Kodeksu Dobrej Praktyki Rolniczej. Został on opracowany w Instytucie Upraw Nawożenia i Gleboznawstwa w Puławach na podstawie Dyrektywy Azotanowej, będącej podstawowym aktem prawnym Unii Europejskiej. Jego głównym celem jest zapobieganie zanieczyszczeniom wód azotanami pochodzenia rolniczego.
Każdy rozsądny rolnik powinien stosować się do Zasad Dobrej Praktyki Rolniczej, aby chronić glebę i zasoby wodne, albowiem nieznajomość prawa nie zwalnia z ich przestrzegania. Nieprzestrzeganie bowiem zasad Dobrej Praktyki Rolniczej grozi w przypadku kontroli zmniejszeniem płatności a nawet jej zawieszeniem.