Działalność agroturystyczna polegająca na wynajmowaniu pokoi gościnnych umożliwia m.in. korzystanie z preferencji podatkowych dotyczących nieruchomości.
Zgodnie z ustawą z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. nr 9, poz 31 z późn. zm.) opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają:
Wysokość stawki podatku uzależniona została od sposobu wykorzystywania nieruchomości. Budynki przeznaczone na cele mieszkalne lub ich części opodatkowane są w tym roku w wysokości maksymalnej 0,46 zł za 1 m2 powierzchni użytkowej. Gdy przedmiotem opodatkowania są budynki lub ich części związane z działalnością gospodarczą inną niż rolnicza lub leśna, oraz budynki mieszkalne zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej, to stawka ta nie może przekroczyć w 2001 roku kwoty 15,36 zł za 1 m2 powierzchni użytkowej.
Za działalność gospodarczą nie uznaje się działalności agroturystycznej, polegającej na wynajmie pokoi gościnnych w budynkach mieszkalnych położonych na terenach wiejskich osobom przebywającym na wypoczynku, jeżeli liczba wynajmowanych pokoi nie przekracza 5. Preferencja dotycząca podatku obejmuje zatem wszystkich mieszkańców terenów wiejskich, nie tylko rolników.
Są jednak pewne różnice. Jeśli pokoje gościnne znajdujące się w budynku mieszkalnym wynajmowane są przez rolnika, obniżona stawka podatku od nieruchomości dotyczyć może jedynie budynku mieszkalnego. Gdy usługi agroturystyczne świadczy mieszkaniec wsi, ale nie rolnik, niższa stawka podatku dotyczyć może, oprócz budynku mieszkalnego, również gruntu, który jest związany z tą działalnością. Wówczas za teren przygotowany specjalnie dla turystów, np. ogródek, stawka podatku nie może przekroczyć w bieżącym roku 0,08 zł za 1 m2 powierzchni.