Droga do zdobycia przez przedsiębiorstwa unijnych środków na inwestycje ekologiczne jest zawiła.
Środki na ochronę środowiska można znaleźć w trzech głównych funduszach unijnych: ISPA, SAPARD, PHARE. Jednak w największym z nich i jednocześnie najbardziej ukierunkowanym na ochronę środowiska ISPA nie ma pieniędzy przeznaczonych bezpośrednio dla przedsiębiorców. W ramach ISPA finansowane są przedsięwzięcia o dużej skali. Beneficjentem bezpośrednim musi być gmina bądź związek komunalny, ale firmy mogą korzystać z niego pośrednio. Jednak aplikacja do projektu ISPA jest bardzo droga w opracowaniu. Można zainwestować w sporządzenie aplikacji, a Komisja uzna, że nie zasługuje ona na dotację.
Przedsiębiorcy bezpośrednio o fundusze mogą ubiegać się w ramach funduszu PHARE. W ramach tego funduszu sfinansowanych może zostać do 75 proc. kosztów inwestycji, jeśli beneficjentem bezpośrednim jest samorząd i 25 proc. jeżeli odbiorca jest bezpośrednio przedsiębiorcą.
Przy wypełnieniu wniosku trzeba przekonać, że dotacja służy celom niekomercyjnym i nieprzynoszącym bezpośrednio zysku. Ma tylko na celu podniesienie poziomu ochrony środowiska. Pierwsza weryfikacja wniosku odbywa się na poziomie regionalnym. Przedsiębiorca składa go za pośrednictwem regionalnych instytucji finansujących, właściwych dla lokalizacji projektu. Zatrudnieni tam konsultanci sprawdzają czy projekt nie zwiera formalnych błędów oraz czy jest spójny z regionalną strategią rozwoju. Następnie wnioski są skierowane do weryfikacji w jednej z instytucji centralnych PARP dla małych i średnich przedsiębiorstw. PHARE Spójność Społeczno-Ekonomiczna zarządza Ministerstwo Gospodarki, w przypadku projektów związanych z ochroną środowiska pełnomocnikiem ds. realizacji projektów jest Ministerstwo Środowiska. Resort decyduje o wyborze wniosków, które ich zdaniem mają największe szanse powodzenia.
Na wniosek zainteresowanego na początku projektu może zostać przekazana zaliczka maksymalnie do 45 proc. wsparcia. Reszta dotacji jest wypłacana na podstawie raportu z wykorzystania pierwszej transzy, faktur za zakup sprzętu itp. To oznacza, że przedsiębiorca musi mieć środki własne na rozpoczęcie projektu. Dotacja unijna pokrywa jedynie tylko część kosztów inwestycji. Konieczność sfinansowania własnego udziału jest nieraz przeszkodą w korzystaniu z unijnej pomocy.