Wisła, jako wielka rzeka nizinna o znacznym stopniu naturalności jest miejscem bytowania bardzo licznych i różnorodnych zespołów ryb i innych zwierząt wodnych. Występuję w niej ponad 40 gatunków ryb, setki gatunków bezkręgowców, jak również szereg gatunków ssaków i ptaków związanych z wodą.
- Z charakterystycznych gatunków ryb należy wymienić przede wszystkim ryby dwuśrodowiskowe – odbywające tarło w dopływach Wisły i dorastające w Morzu Bałtyckim: łososia, troć wędrowną, certę, minoga rzecznego i jesiotra – przywracanego obecnie w ramach programu restytucji po latach nieobecności w systemie Wisły. Szczególnym gatunkiem jest węgorz – odbywający tarło w Morzu Sargassowym i wędrujący do rzek i połączonych z nimi jezior, gdzie przez kilka lat dorasta, zanim podejmie wędrówkę tarłową do morza. Do ważniejszych gatunków rzecznych należą: brzana, kleń, boleń, jelec, jaź, miętus czy kiełb– preferujące środowiska nurtowe. Z kolei takie gatunki jak: sum, sandacz leszcz, krąp, płoć, ukleja, jazgarz żyją w spokojniejszych partiach nurtu. Szczupak i okoń związane są głównie ze strefą przybrzeżnej roślinności, natomiast lin, karaś oraz chronione gatunki jak różanka, koza i piskorz występują głównie w starorzeczach o różnym stopniu połączenia z rzeką i w zarośniętych, spokojnych strefach głównego koryta rzeki – mówi Paweł Prus z Instytutu Rybactwa Śródlądowego w Warszawie - Należy wspomnieć też o gatunkach obcych, zwleczonych w ostatnich dziesięcioleciach – jak trawianka i czebaczek amurski, czy też docierających przez połączenia z innymi systemami rzecznymi – jak karaś srebrzysty i kilka gatunków z rodziny babkowatych.
Gatunki te zdaniem ichtiologów mogą stwarzać zagrożenie dla ryb rodzimych – np. żerując na ikrze innych gatunków (jak dwa pierwsze z wymienionych), tworząc krzyżówki (jak karaś srebrzysty z rodzimym karasiem zwyczajnym), czy też konkurując o pokarm (jak ryby babkowate i rodzime gatunki kiełbi).