Jak zapewnia Leszek Polakowski, zastępca głównego księgowego Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa plan finansowy Agencji za rok 2005 został wykonany w 100%, i zamyka się kwotą miliarda 389 milionów 269 tysięcy. Natomiast od strony wydatkowej realizacja planu finansowego była na poziomie 89,8%, co stanowiło miliard 573 miliony 071 tysięcy zł.
Główne paragrafy wydatków Agencji można podzielić na dwie części, czyli: działalność statutowa, na którą składały się dopłaty do oprocentowania inwestycyjnych kredytów bankowych, gdzie realizacja była na poziomie 98,9%; dopłaty do oprocentowania kredytów bankowych przeznaczonych na likwidację skutków klęsk żywiołowych, gdzie realizacja była na poziomie 98,4%; dopłaty do oprocentowania kredytów obrotowych na cele rolnicze udzielonych w 2002 r. – realizacja wykonana w stu procentach; dopłaty do oprocentowania kredytów bankowych przeznaczonych na zakup rzeczowych środków do produkcji rolnej udzielonej w 2004 r. – realizacja na poziomie 99,9%; dopłaty do oprocentowania kredytów bankowych przeznaczonych na skup i przechowalnię płodów rolnych udzielone w 2004 r. – realizacja na poziomie 99,9%. Poza tym pomoc dla podmiotów zajmujących się zbieraniem zwłok padłych przeżuwaczy oraz świń, przetwarzaniem, transportem oraz spalaniem mączek wyprodukowanych z tych zwłok – tu wykonanie było w stu procentach. Ponadto finansowanie organizacji grup producenckich – wykonanie w 98%; finansowanie zalesiania gruntów rolnych – wykonanie w 99,9%; działalność informacyjno-promocyjna – wykonanie 97,5%. Wydatki majątkowe – realizacja na poziomie 68%, czyli kwota 134 miliony 233 tysiące oraz pozostałe wydatki – realizacja w kwocie 33 miliony 918 tysięcy.
Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa w 2005 r. funkcjonowała jako agencja płatnicza, realizując płatności finansowe Sekcji Gwarancji Europejskiego Funduszu Orientacji i Gwarancji Rolnych. W skład tego wchodziły płatności bezpośrednie do gruntów rolnych, Plan Rozwoju Obszarów Wiejskich oraz wspólna organizacja rynku owoców i warzyw. Jak nas poinformował Marek Janiec zastępca prezesa Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa w ubiegłym roku Agencja przyjęła milion czterysta osiemdziesiąt siedem tysięcy wniosków w kampanii płatności bezpośrednich. Realizacja obsługi tych wniosków rozpoczęła się jeszcze w roku 2005. Natomiast została zakończona w dniu 30 czerwca tego roku.
W roku 2006 AR i MR przygotowała dwa nowe mechanizmy dotyczące systemu płatności bezpośrednich, to jest dopłaty do powierzchni paszowej i dopłaty cukrowe.