W ciągu całego okresu wegetacji uprawom zagrażają choroby grzybowe, które są potencjalnie główną przyczyną strat w plonie oraz obniżenia jego jakości. Zagrożenie plantacji przez choroby jest zmienne w latach w zależności od przebiegu pogody, ale również silnie uzależnione od wrażliwości odmianowej i warunków agrotechnicznych. W przypadku upraw ozimych dodatkowym, ważnym czynnikiem wpływającym na zdrowotność roślin są warunki pogodowe panujące na jesieni i zimą. Tegoroczny przebieg pogody zapowiada duże nasilenie chorób na plantacjach zbóż i rzepaku ozimego.
Susza, która wystąpiła jesienią 2011 roku opóźniła wschody ozimin. Późniejsze, gwałtowne spadki temperatur nie pozwoliły roślinom na odpowiednie zahartowanie się przed mrozami i przyczyniły się do rozwoju wielu patogenów, głównie szarej pleśni. Śnieg spadł dopiero w styczniu na niezamarzniętą glebę, co spowodowało obumieranie korzeni z powodu zbyt dużej koncentracji dwutlenku węgla, który jest toksyczny dla roślin i bezpośrednio przyczyniło się do łatwiejszego porażenia chorobami. Na początku lutego wystąpiły siarczyste mrozy i nic nie wskazuje, by zima miała się zakończyć. Synoptycy przewidują kolejne opady śniegu i mróz, co najmniej do końca lutego. Gruba okrywa śnieżna zabezpieczy co prawda plantacje, ale rośliny mogą odczuć niedostatek tlenu i może nastąpić kolejny atak ze strony chorób tzw. złego zimowania. Możemy więc spodziewać się presji ze strony pleśni śniegowej i pałecznicy traw, a później infekcji fuzarioz: podstawy źdźbła, liści i łamliwości źdźbła. Warunki pogodowe z pewnością przyczynią się do osłabienia kondycji zbóż ozimych.
Po zejściu okrywy śnieżnej należy przeprowadzić lustrację plantacji i ocenę obsady. Należy pamiętać, że miernikiem przeżycia roślin jest zachowanie żywotności węzła krzewienia. Gdy rośliny w zadowalającym stopniu przetrwały zimę należy jak najwcześniej wykonać zabieg czyszczący – ograniczyć występowanie i rozwój grzybów atakujących plantację. Skuteczne i niezawodne zwalczenie głównych patogenów zależy od możliwości dotarcia substancji aktywnej do miejsca, w którym patogen się rozwija. W praktyce oznacza to, że bardzo ważne jest przestrzeganie terminów zabiegów i nie opóźnianie ich, ponieważ grzyby intensywnie rozwijają się i infekują całe plantacje. Wczesne wykonanie oprysku ograniczy pojawienie się patogenów na liści flagowym i podflagowym. Bardzo skutecznym narzędziem w walce z tymi chorobami jest zastosowanie tiofanatu metylu, który należy stosować od początku fazy strzelania w źdźbło do fazy pierwszego kolanka.
Podobny zabieg należy przeprowadzić w uprawach rzepaku, zwłaszcza tych już porażonych suchą zgnilizną kapustnych i czernią krzyżowych. Jeśli podczas lustracji plantacji, którą przeprowadzimy po zejściu okrywy śnieżnej stwierdzimy, że rośliny zainfekowane są zgnilizną rzepaku i szarą pleśnią, to bezwzględnie trzeba przeprowadzić zabieg czyszczący. Oprysk tiofanatem metylu maksymalnie zredukuje straty w plonie spowodowane chorobami złego zimowania rzepaku.
Przeprowadzenie wczesną wiosną zabiegu zwalczania chorób grzybowych jest ważnym elementem agrotechniki i znacząco wpływa na kształtowanie się przyszłego plonu. Jest to zabieg przygotowujący do dalszej ochrony.