Wśród bakterii wykorzystywanych jako probiotyki można wymienić między innymi:
Bakterie te, poprzez produkcję kwasów organicznych (głównie mlekowego), obniżają pH treści przewodu pokarmowego, powodując zahamowanie rozwoju bakterii chorobotwórczych takich jak: Clostridium sp., Escherichia coli, Salmonella sp. Inną prawdopodobną drogą ich działania jest produkcja związków o charakterze antybiotycznym, wśród których wymieniane są: acidofilina, bakteriocyna, lactobacilina, laktalina, rusina.
Redukcję bakterii patogennych w przewodzie pokarmowym tłumaczy się również ścisłym pokryciem kosmków jelitowych przez bakterie probiotyczne. Utworzona w ten sposób warstwa uniemożliwia osiedlanie się tam bakterii chorobotwórczych.
Obecność bakterii probiotycznych sprzyja lepszemu wykorzystaniu paszy. Dzieje się tak dzięki wytwarzaniu przez nie własnych enzymów wspierających działanie trawienne enzymów gospodarza. Do produktów powstałych w wyniku metabolizmu bakterii należą też witaminy z grupy B – ważne z punktu widzenia przemian składników pokarmowych w organizmie zwierzęcia oraz jego zdrowia. Probiotykom przypisuje się również działanie zwiększające odporność zwierząt na choroby.
Można więc powiedzieć, że skutki stosowania probiotyków są podobne do działania antybiotyków, jednak efekt uzyskiwany jest różnymi drogami. O ile antybiotyki działają dość szybko, niszcząc większość bakterii (zarówno patogennych jak i pożytecznych) w przewodzie pokarmowym (niektóre także poza nim), o tyle probiotyki działają tylko w przewodzie pokarmowym, wymagają dłuższego okresu stosowania, a redukcja (stabilizacja) bakterii chorobotwórczych odbywa się poprzez intensywny rozwój bakterii pożytecznych.
Wynika stąd, że stosowanie łączne probiotyków i antybiotyków może nie przynieść zwiększonego korzystnego efektu, gdyż antybiotyki działają bakteriobójczo na różne mikroorganizmy. Z tego powodu jednym z wymagań stawianych probiotykom, produkowanym na cele paszowe, jest ich odporność na działanie antybiotyków. Inne wymagania to duża ich żywotność i aktywność (także przy zmieniającym się pH) oraz odporność na temperaturę (procesy technologiczne w przemyśle paszowym).
Obecnie wiele firm specjalizuje się w produkcji preparatów probiotycznych. Preparaty te są mieszaninami różnych szczepów bakterii, np. poddanych liofilizacji.
Skuteczność działania probiotyków nie zawsze jest zadawalająca. Najefektywniej działają podawane zwierzętom młodym. Niejednakowa skuteczność wynikać może nie tylko z nieprawidłowego doboru bakterii, nieodpowiedniej ilości probiotyku, ale także z równoczesnego stosowania antybiotyku (zwłaszcza Zn-bacytracyny), niewystarczającej odporności bakterii kwasu mlekowego na podwyższone temperatury stosowane w procesie technologicznym. Pomimo różnej skuteczności, probiotyki dodawane są do wielu mieszanek przemysłowych.