Zakażenia mikrobiologiczne jak dotychczas są głównym problemem i w największym stopniu dotykają konsumentów. Przypadki zatruć pokarmowych i dane epidemiologiczne jednoznacznie wykazują, że zanieczyszczenia żywności środkami chemicznymi i ciałami obcymi występują znacznie rzadziej. Pomimo to nie powinny być one ignorowane.
Przegląd zakładu i procesu produkcyjnego pozwala na odkrycie wielu potencjalnych źródeł zakażenia i zanieczyszczenia żywności.
Surowce do produkcji żywności mogą być głównym źródłem jej zakażenia, na przykład: