Konieczne ze względu na poszerzenie zmiany instytucjonalne w Unii następować będą w dwóch etapach. Pierwszy z nich, półroczny etap przejściowy, rozpoczął się 1 maja i będzie trwał do końca października br. Drugi etap, od 1 listopada br., wiąże się z wejściem w tym terminie w życie postanowień instytucjonalnych Traktatu z Nicei, przyjętych z myślą o sprawnym funkcjonowaniu instytucji unijnych po rozszerzeniu. Dalsze zmiany instytucjonalne możliwe są po przyjęciu i wejściu w życie dyskutowanego obecnie w ramach Konferencji Międzyrządowej Traktatu Konstytucyjnego UE oraz w wyniku rozszerzenia Unii o nowe państwa, planowanego na rok 2007.
1 maja 2004 w Komisji Europejskiej zasiadło 10 komisarzy z nowych państw członkowskich. Pracują oni jako "komisarze pomocniczy" ("junior commissioners") u boku 10 spośród 20 członków Komisji. W ten sposób, do 30 października b.r. Komisja Europejska liczyć będzie 30 komisarzy. Od 1 listopada b.r. ich liczba zmniejszy się do 25; od tego momentu w Komisji zasiądzie tylu komisarzy, ile jest państw członkowskich Unii, zgodnie z zasadą: po jednym komisarzu na każde z państw członkowskich.
Na szczycie UE, 17 i 18 czerwca br. państwa członkowskie Unii wybiorą przyszłego przewodniczącego Komisji, który uzyskawszy aprobatę Parlamentu Europejskiego rozpocznie kompletowanie jej 24 członków. Podczas inauguracyjnej sesji nowego Parlamentu Europejskiego 21 lipca br. deputowani zaakceptują kandydata na przewodniczącego. Przesłuchania kandydatów na komisarzy odbędą się w Parlamencie Europejskim po wakacjach, aby nowa Komisja mogła rozpocząć pracę od 1 listopada br.
1 maja 2004, dotychczasowi, wyłonieni przez parlamenty narodowe "obserwatorzy" z dziesięciu nowych państw członkowskich stali się deputowanymi do Parlamentu Europejskiego i zasiadać w nim będą do dnia ukonstytuowania się nowego Parlamentu. Obecna kadencja PE dobiega końca (1999-2004) i w czerwcu br. we wszystkich państwach członkowskich Unii odbędą się kolejne wolne, bezpośrednie, proporcjonalne, powszechne wybory, przeprowadzone w tajnym głosowaniu.
Polacy wybierać będą swoich 54 przedstawicieli do PE 13 czerwca. Zasady i tryb ich przeprowadzenia określa Ustawa z 23 stycznia 2004 r. Ordynacja wyborcza do Parlamentu Europejskiego. Pierwsza sesja Parlamentu Europejskiego w nowym składzie 732 deputowanych (obecnie przejściowo zasiada w nim 788 członków), odbędzie się w dniach od 20 do 23 lipca br.
Również Rada UE w okresie pomiędzy 1 maja a 30 października 2004 funkcjonować będzie na podstawie rozwiązań tymczasowych. Do końca półrocznego okresu przejściowego Polska dysponować będzie 8 głosami na ogólną liczbę 124 głosów przysługujących wszystkim państwom członkowskim. Od 1 listopada, zgodnie z zasadami zawartymi w Traktacie Nicejskim, Polska otrzyma 27 na 321 głosów.