Negocjacje dotyczące zagadnień weterynaryjnych obejmowały największy zakres prawa UE, w części dotyczącej Rolnictwa (ponad 700 aktów prawnych).
Jedną z najważniejszych kwestii była konieczność osiągnięcia przez Polskę, wymaganych przez Wspólnotę standardów ochrony zdrowia publicznego, bezpieczeństwa żywności oraz środków przeznaczonych do żywienia zwierząt, zdrowia zwierząt i ochrony zwierząt. W prawie UE najwyższy priorytet stanowi zapewnienie bezpieczeństwa konsumentom poprzez stawianie wysokich wymagań producentom i pośrednikom biorącym udział we wszystkich ogniwach łańcucha produkcji i dystrybucji żywności i pasz, zgodnie z zasadami nadzoru "od pola do stołu". Utrzymanie wysokiego poziomu bezpieczeństwa żywności jest niezwykle ważne nie tylko dla ochrony zdrowia publicznego, ale również dla zachowania zaufania konsumenta do wszystkich produktów wytwarzanych na jednolitym rynku i zapewnienia uczciwych praktyk handlowych. Wiąże się to z zapewnieniem pełnego i efektywnego wdrożenia systemów kontroli rynku wewnętrznego obejmującego ścisłą kontrolę zdrowia i przemieszczania się zwierząt, kontrolę warunków pozyskiwania, wytwarzania, składowania i transportu środków spożywczych i pasz, jak również kontrolę ich jakości, kontrolę towarów pochodzących z krajów trzecich i obrotu nimi wewnątrz Wspólnoty. Są to warunki niezbędne do przystąpienia nowego kraju członkowskiego do rynku wewnętrznego.
Polska zobowiązała się wdrożyć do dnia akcesji wymagania zawarte w przepisach UE, jednakże dla niektórych sektorów został uzyskany okres przejściowy na dostosowanie się do pewnych wymogów. Podczas trwania tego okresu zakłady i gospodarstwa będą musiały dokonać działań dostosowawczych w ściśle ustalonych ramach czasowych. Podmioty, które otrzymały okres przejściowy, dobrowolnie potwierdziły chęć dostosowania się składając harmonogram, w którym określały zakres i termin swojego dostosowania.
Wynegocjowane okresy przejściowe są różne w zależności od branży i nie mogą przekroczyć: