Gospodarstwo rolne jako miejsce życia i pracy ludzi, bytowania zwierząt nie powinno negatywnie wpływać na środowisko i krajobraz wiejski, nie może być też uciążliwe dla otoczenia. Usytuowanie budynków gospodarczych ma nie tylko zapewniać bezpieczeństwo i zdrowie ludzi i zwierząt, ale również spełniać wymagania ochrony środowiska. Najważniejsze dla ochrony środowiska w gospodarstwie jest właściwe postępowanie ze ściekami i odpadami. Gospodarstwo musi posiadać niezbędne urządzenia chroniące przed zanieczyszczeniem wodę, powietrze takie jak: zbiorniki na odchody i odpady ciekłe, płyty obornikowe, utwardzone śmietniki, myjnie dla maszyn i narzędzi.
Zbiorniki na płynne odchody zwierzęce powinny mieć ściany i dno nieprzepuszczalne, szczelne przykrycie z otworem wejściowym i wentylacyjnym. Pojemność zbiornika na gnojówkę i gnojowice musi wystarczyć na przechowywanie ich przez okres co najmniej 6 miesięcy w roku. Obornik może być gromadzony i przechowywany w pomieszczeniach inwentarskich, albo na nieprzepuszczalnych płytach lub gnojowniach (płyta ze ścianami bocznymi) zabezpieczonych przed wyciekami, wysychaniem lub zalewaniem przez wody deszczowe. Pojemność gnojowni powinna wystarczyć na przechowywanie obornika przez 6 miesięcy (powierzchnia wynosi 3 m kwadratowe na l SD zwierząt).
Niedopuszczalne jest przechowywanie obornika na pryzmach na polu, ponieważ zagraża to skażeniu wód gruntowych związkami azotu i fosforu. Wycieki z pryzm kiszonkowych powinny być odprowadzane do studzienek, stanowiących część składową silosów aby nie spowodować skażenia wody. Obecnie w Polsce wyposażenie gospodarstw rolnych w urządzenia do przechowywania odchodów produkcji zwierzęcej jest małe (rzędu kilku procent) a budowa takich urządzeń jest kosztowna. Aby zmniejszyć ten stopień niedoinwestowania Polska w ramach programu SAPARD przewidziała możliwość uzyskania pomocy finansowej na budowę zbiorników na gnojowice i płyt gnojowych. Zaplanowano dofinansowanie wyposażenia w tego typu urządzenia w 5-7 tyś. gospodarstw rolnych.
Pomimo, że obydwa omawiane dokumenty: Dyrektywa Azotanowa oraz Kodeks Dobrych Praktyk Rolniczych mają formę zaleceń a nie obowiązujących prawnie przepisów, to Unia Europejska w ramach regulacji związanych z Agendą 2000 wprowadziła zapis, że stosowanie dopłat ze środków publicznych do rolnictwa takich jak dotacje z tytułu LFA, programów rolno-środowiskowych powiązane będzie ze stosowaniem co najmniej minimalnych dobrych praktyk rolniczych. Kraje członkowskie natomiast ustalą odpowiednie przepisy szczegółowe, które uzależniać będą wypłaty dotacji od przestrzegania wymagań środowiska (obecnie W. Brytania i Francja już wdrażają tego typu regulacje). Również pomoc przedakcesyjna dla rolnictwa SAPARD uzależnia otrzymanie dotacji z UE od przestrzegania warunków produkcji rolniczej przyjaznych dla środowiska.