Generalną zasadą rolnictwa ekologicznego jest szacunek dla wszelkich form życia: od najmniejszych mikroorganizmów żyjących w glebie, po najpotężniejsze drzewa, nie zapominając o człowieku.
Każdy element w łańcuchu ekologicznej produkcji żywności jest nastawiony na zachowanie, a jeśli jest to możliwe, na zwiększanie różnorodności roślin i zwierząt. Utrzymanie wysokiego poziomu różnorodności biologicznej jest często rezultatem dobrych ekologicznych praktyk rolniczych, jak również działań przewidzianych we Wspólnotowym Rozporządzeniu w sprawie rolnictwa ekologicznego.
Pojęcie ,,różnorodności biologicznej" w kontekście rolnictwa ekologicznego nie oznacza wyłącznie, że utrzymywanych jest więcej gatunków roślin uprawnych i ras zwierząt, ale również to, że więcej rodzimych roślin i zwierząt bytuje na danym terenie w naturalny sposób. Szczególną uwagę przywiązuje się do ochrony zagrożonych gatunków zwierząt i roślin.
Wiele praktyk stosowanych w rolnictwie ekologicznym ma pozytywny wpływ na różnorodność biologiczną.Na przykład:
1. Stosowanie nawozów naturalnych zwiększa w glebie populację mikroorganizmów, dżdżownic i innych bezkręgowców glebowych.
2. Stosowanie właściwego płodozmianu i odpowiednich odmian roślin zdolnych konkurować z chwastami i odpornych na choroby i szkodniki zwiększa szanse roślin uprawnych względem gatunków niepożądanych.
3. Rozbudowany płodozmian oznacza poszerzenie listy upraw o gatunki o znaczeniu towarowym, rośliny motylkowate i paszowe.
4. Priorytetowe traktowanie lokalnych odmian roślin i ras zwierząt podtrzymuje różnorodność biologiczną w regionie.
5. Wprowadzanie naturalnych wrogów szkodników i chwastów zamiast stosowania pestycydów wzbogaca różnorodność świata zwierzęcego.
Rolnicy ekologiczni podejmują również inne działania sprzyjają zachowaniu różnorodności biologicznej i równowagi biologicznej na terenie gospodarstw ekologicznych i w ich otoczeniu. Do tych działań zalicza się:
1. Zakładanie zadrzewień śródpolnych i żywopłotów, sadzenie drzew.
2. Utrzymywanie starych łąk.
3. Utrzymywanie naturalnych cieków wodnych.
4. Ochrona drzew i innej lokalnej roślinności.
Wprowadzenie zakazów stosowania sztucznych nawozów, syntetycznych pestycydów i innych syntetycznych środków produkcji oznacza też, że przed potencjalnym zanieczyszczeniem spływającym z pól chronione są cieki wodne i żyjące w nich organizmy. Ograniczenia przyczyniają się także do zmniejszania zagrożeń bio-akumulacji, co ma miejsce wtedy, gdy wiele drapieżników, na przykład ptaki drapieżne, ginie na skutek spożycia toksyn pochodzących z zanieczyszczeń, a których ilość wzrasta w kolejnych ogniwach łańcucha żywnościowego.