Od 14 listopada 2001 obowiązuje ustawa o krajowym systemie ewidencji gospodarstw rolnych i zwierząt gospodarskich (Dz. U. nr 125, poz. 1363). Ruszy zatem organizacja centralnego rejestru, w którym znajdzie się informacja o każdej krowie, kozie i owcy oraz polskich gospodarstwach.
Jest to warunek konieczny, aby zostały uruchomione bezpośrednie płatności w ramach unijnych dotacji dla polskiego rolnictwa.
System, który stworzy Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, składać się będzie z: ewidencji gospodarstw rolnych, ewidencji zwierząt gospodarskich, rejestru płatności bezpośrednich, dokumentacji związanej z ewidencją gospodarstw rolnych oraz przyznawaniem i wypłatą płatności bezpośrednich oraz dokumentacji związanej z przeprowadzanymi przez ARiMR kontrolami przestrzegania przepisów dotyczących płatności bezpośrednich.
Obydwie ewidencje oraz rejestr płatności bezpośrednich ARiMR będzie prowadzić w systemie informatycznym i przechowywać przez 5 lat. Natomiast zbieranie informacji może powierzyć w umowie wyspecjalizowanym podmiotom. Agencja będzie musiała zadbać, aby zapewnić ochronę i zabezpieczenie danych przed ich utratą oraz nieuprawnionym dostępem do nich.
Ustawa szczegółowo reguluje, jakie informacje dotyczące gospodarstw rolnych i zwierząt gospodarskich znajdą się w rejestrze.
Wprowadzając ewidencję zwierząt gospodarskich i gospodarstw rolnych zmieniono jednocześnie kilka innych ustaw. I tak: zreorganizowano strukturę ARiMR (w ramach Agencji wyodrębnia się Centralę Agencji i oddziały regionalne); z podatku dochodowego zwolniono dotacje z budżetu państwa na finansowanie przedsięwzięć w ramach Specjalnego Przedakcesyjnego Programu na Rzecz Rolnictwa i Rozwoju Obszarów Wiejskich; kwoty państwowej pomocy na rzecz rolnictwa zwolniono spod większości rygorów ustawy o warunkach dopuszczalności i nadzorowaniu pomocy publicznej dla przedsiębiorców. Dotyczy to również budżetowego dofinansowania na rzecz przetwórstwa rolno-spożywczego, łowiectwa, leśnictwa, rybołówstwa i rybactwa, skupu i przechowywania produktów rolnych, ich zapasów i przetworów.