30 lipca 2009 r. Agencja wpłaciła do Funduszu Rekompensacyjnego, w ramach zobowiązań nałożonych przez ustawę o realizacji prawa do rekompensaty z tytułu pozostawienia nieruchomości poza obecnymi granicami Rzeczypospolitej Polskiej, kwotę 50 mln zł, stanowiąca zaliczkę za II kwartał 2009 roku. Dotychczasowe wpłaty dokonane w 2009 r. wynoszą 640 mln zł.