Zakres kontroli administracyjnej obejmuje weryfikację zadeklarowanych we wnioskach powierzchni z danymi znajdującymi się w bazach referencyjnych Agencji. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości we wniosku, rolnicy są wzywani do złożenia wyjaśnień.
W połowie listopada Agencja planuje rozpoczęcie wydawania decyzji w sprawie przyznania płatności bezpośrednich. Wypłata należnych rolnikom płatności rozpocznie się od 1 grudnia 2008 r. W pierwszej kolejności płatności obszarowe przelane zostaną na konta bankowe rolników z powiatów dotkniętych tegoroczną suszą.