W związku z wejściem w życie ustawy z 26 stycznia 2007 r. o zmianie ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa oraz ustawy o działach administracji rządowej (Dz. U. z 2007 r., Nr 35, poz.218), od 14 marca 2007 r. nadzór nad Agencją Nieruchomości Rolnych sprawuje minister właściwy do spraw rozwoju wsi.