Wiele wątpliwości i obaw wobec wykorzystywania GMO w rolnictwie i produkcji żywności wynika z braku wiadomości o istocie nowych technologii i ich relacji z dotychczas stosowanymi technikami w hodowli roślin uprawnych. Najczęściej spotykanym nieporozumieniem, zdaniem biotechnologów - hodowców roślin, jest utrwalanie poglądu, że wprowadzanie zmian w genetycznym kodzie organizmów stało się możliwe dopiero dzięki metodom biologii molekularnej i że zmiany zapisu genetycznego są czymś nowym, dotychczas nie stosowanym.
W rzeczywistości, od zarania dziejów modyfikacje genetyczne były podstawą udomowiania roślin i obecnie nie ma ani jednego gatunku uprawnego, który nie byłby zmodyfikowany genetycznie. Nowością metod inżynierii genetycznej jest sposób wprowadzania zmian w zapisie genetycznym organizmów, a nie sam fakt dokonywania tych zmian. Z punktu widzenia hodowcy roślin, nowoczesna biotechnologia stwarza tylko dodatkowe możliwości tworzenia zmienności genetycznej, z której korzysta on w procesie selekcji i hodowli nowych odmian roślin uprawnych. Zatem wprowadzenie nowego genu do rośliny metodami biologii molekularnej i uzyskanie w niej pożądanej cechy stanowi dla hodowcy źródło nowej zmienności, które w wyniku dalszej pracy może być wykorzystane do tworzenia nowej odmiany.
W praktyce rolniczej mają znaczenie jak dotąd tylko dwa rodzaje odmian transgenicznych: z wprowadzonymi genami odporności na herbicydy ogólnego działania oraz geny odporności na szkodniki owadzie z Bacilus thuringensis. W różnych stadiach badań i doświadczeń jest natomiast wiele różnorodnych form z genami kontrolującymi cechy jakości plonu, odporności na stresy itp. Oznacza to, że dyskutując nad odmianami transgenicznymi i ich oddziaływaniem na zdrowie człowieka i środowisko należy rozpatrywać każdy przypadek oddzielnie ponieważ charakter wprowadzonego genu jest decydujący o tym oddziaływaniu a nie metoda jego wprowadzenia.
Na świecie największy obszar wśród upraw roślin genetycznie zmodyfikowanych zajmują rośliny z wprowadzoną cechą odporności na herbicydy. W 2007 roku stanowiły one 63% całkowitego areału upraw transgenicznych (powierzchnia 72,2 mln ha). Kolejne miejsce zajmują rośliny do których wprowadzono cechy odporności na szkodliwe owady i tolerancji na herbicydy, które uprawiane są na obszarze 21,8 mln ha, co stanowi 19% całkowitej powierzchni upraw. Natomiast rośliny posiadające w swoim genomie gen odporności na owady uprawiane są na obszarze 20,3 mln ha i stanowią 18% całego areału upraw transgenicznych.