Unia Europejska nie zgadza się, żeby wywalczone przez Polskę dodatkowe wsparcie rolników z funduszy rozwoju wsi i z budżetu państwa mogło objąć wszystkie bez wyjątku gospodarstwa, tak jak dopłaty bezpośrednie z kasy UE.
I choć dyplomaci unijny zapewniają, że o takiej interpretacji porozumienia w sprawie uzupełnienia dopłat bezpośrednich informowali polskich negocjatorów, strona polska twierdzi, że została zaskoczona tym rozwiązaniem.
Przedstawiciele UE tłumaczą – Prawo do uzupełnienia dopłat z funduszu rozwoju wsi i z budżetu narodowego przyznano nowym członkom, ponieważ skarżyli się, że częściowe dopłaty nie wystarczą, żeby zapewnić równe warunki konkurencji producentom zbóż czy tytoniu, więc tylko ich może objąć to dodatkowe wsparcie. Przyznanie dodatkowego wsparcia naliczanego na podstawie ogólnej powierzchni upraw dla upraw, dla których w Unii dopłaty nie przysługują wywołałoby zakłócenia w konkurencji na niekorzyść unijnych rolników.
Unia wyklucza zmianę zapisów wynegocjowanych, jak twierdzą, z Polską i przesądzających całą sprawę. Zmiana wymagałaby bowiem ponownego otwarcia negocjacji, a to wywołałoby lawinę postulatów ze strony innych kandydatów i zwłokę w podpisaniu Traktatu Akcesyjnego. Ta groziłaby opóźnieniem ratyfikacji i całego rozszerzenia zaplanowanego na 1 maja 2004 roku. Jeden z eurokatów zapewnia, że Unia, choć nie dopuszcza możliwości ponownego otwarcia negocjacji, to poszukuje praktycznego rozwiązania.
Komisarz UE ds. rolnictwa Franz Fischler po niedawnym spotkaniu z wicepremierem Jarosławem Kalinowskim w Berlinie przyznał, że Polska ma powody, żeby zabiegać o wyjaśnienie tej sprawy. Komisarz wyraził zrozumienie dla problemów, jakie stwarzałaby konieczność równoległego stosowania uproszczonego systemu częściowych dopłat naliczanych od powierzchni gospodarstwa oraz systemu w pełni odpowiadającego unijnym mechanizmom selektywnych dopłat.
Unia przyznała nowym członkom, w tym Polsce, prawo do stopniowo rosnących dopłat bezpośrednich, począwszy od 25% należnych sum w pierwszym roku członkostwa (2004) aż do 100% w 2013 roku. Prócz tego nowi członkowie mogą przeznaczyć na dopłaty część przyznanych sobie unijnych funduszy rozwoju wsi oraz środki własne, ale łączne wsparcie nie może przewyższać w pierwszym roku członkostwa 55% należnych dopłat itd. (w kolejnych latach nadal może to być do 30 punktów procentowych więcej niż wynoszą właściwe dopłaty z unijnego budżetu).
W Unii dopłaty przysługują tylko producentom zbóż, roślin oleistych i wysokobiałkowych oraz hodowcom bydła i owiec. Piętnastka namówiła kandydatów, żeby zgodzili się – w okresie przejściowym – na uproszczony mechanizm dopłat, gdyż do jego uruchomienia nie potrzeba pełnej wersji "zintegrowanego systemu administracji i kontroli" (ang. IACS). IACS to skomputeryzowany system rejestracji gospodarstw i profilu ich produkcji oraz rozdziału dopłat bezpośrednich, którego wdrożenie jest warunkiem przelewu dopłat z budżetu unijnego. IACS-em zarządza Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. Okres przejściowy, który można przedłużać do pięciu lat, daje więcej czasu na dopracowanie IACS. Ministerstwo Rolnictwa niepokoi się jednak, że warunki wypłaty dodatkowego wsparcia oznaczają konieczność wdrożenia pełnego systemu, na co pozostało do maja 2004 roku bardzo mało czasu.