Wśród wątpliwości wobec greckiego LIPS jest zapisywanie w systemie działek, które w rzeczywistości nie spełniają wymagań, zdjęcia satelitarne, które nie obejmują całej powierzchni rolnej kraju i brak procedury szybkiej kontroli w przypadku niepełnych danych w systemie.
W przypadku poważnych i stałych braków w narodowych systemach kontroli, Komisja Europejska może wszcząć procedurę pozwalającą na zmniejszanie dopłat. Redukcja nie dotknie bezpośrednio rolników, oznacza jednak, że państwo członkowskie będzie musiało przeznaczyć na dopłaty więcej środków z krajowego budżetu.
Ostateczna decyzja podjęta zostanie po przeanalizowaniu odpowiedzi Grecji na komunikat wystosowany przez Komisję Europejską.