Komisja Europejska zażądałą od Polski zwrotu dopłat bezpośrednich dla rolników z lat 2006 -07. To kara za zaniedbania urzędników, którzy w tym czasie przygotowywali ewidencję gruntów. Kara została nałożona za brak tzw. ortofotomap. Ortofotomapa to mapa, której treść przedstawiona jest obrazem fotograficznym (zwykle zdjęcia lotnicze lub satelitarne powierzchni ziemskiej) przetworzonym metodą różniczkową oraz przedstawiona w nawiązaniu do układu współrzędnych przyjętego odwzorowania kartograficznego inaczej zespół przetworzonych zdjęć lotniczych, dopasowanych do jednolitej skali i wpasowanych na punkty osnowy geodezyjnej.
Według ekspertów sankcje naliczane Polsce wynikają z zaniedbań urzędników i firm, które wykonywały dla agencji zlecenia. Agencja przyznała, że wina jest po jej stronie. Nie mogła w pełni wdrożyć systemu GIS, ponieważ nie miała zdjęć lotniczych dużej części północno-wschodniej Polski.
Gdy rozpoczęła wypłatę rolniczych dotacji w 2004 r. nie miała nawet zgody na wykonanie zdjęć lotniczych na tym terenie i dysponowała tylko zdjęciami satelitarnymi. I nawet jeszcze w 2006 i 2007 roku ARiMR nie stosowała ortofotomap przy ewidencjonowaniu gospodarstw rolnych. W tym czasie tylko część kraju była pokryta ortofotomapami. Agencja posługiwała się wówczas danymi katastralnymi (kataster - publiczny rejestr danych o gruntach i budynkach oraz o ich właścicielach. W Polsce kataster jest utożsamiany prawnie z ewidencją gruntów i budynków). Początkowo Komisja nałożyła na budżet rolny 150 mln euro kary, co stanowi 5 proc. dopłat z dwóch lat. Komisja naliczyła karę ryczałtem z całości dopłat. Tymczasem skala błędu jest kilkakrotnie mniejsza. Początkowo Polsce udało się wynegocjować niższą sankcję. Według wyliczeń ARiMR zwrot powinien wynieść 88 mln zł. KE jednak nie zgodziła się z tą argumentacją i nakazała zwrócić 400 mln zł. Minister rolnictwa - Marek Sawicki zapowiedział jednak, że od tej decyzji będzie się odwoływał do Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości.