Agencja ma opóźnienia w przygotowaniu wniosków o dopłaty bezpośrednie za 2007 rok. Prace kontrolne polegające na merytorycznym sprawdzeniu wniosków zaawansowane są dopiero w 20 %.
Powodem jest mała przepustowość łączy teleinformatycznych jak również wprowadzenie nowych danych dotyczących dopłat paszowych i energetycznych oraz ONW. Nowe kierownictwo resortu rolnictwa twierdzi, że na te opóźnienia mają wpływ także zmiany kadrowe w Agencji. Tak na szczeblach regionalnych i w oddziałach. W ciągu dwóch lat w oddziałach wymieniono 25 dyrektorów i 24 zastępców.
Średnio dwa razy wymienieni zostali dyrektorzy wojewódzcy, zwolniono 36 zastępców. Wzrosło też znacznie zatrudnienie w Agencji. Jak oceniono – nowe kadry nie są najlepiej przygotowane do pracy w tej instytucji. A wiele ważnych decyzji podejmowano bez konsultacji z Ministerstwem Rolnictwa.
Zmiany merytoryczne w dopłatach bezpośrednich (wprowadzenie dopłat zwierzęcych i energetycznych, zmiany w ONW ) znane są od wielu miesięcy i był czas na przygotowanie Agencji do nowych zadań. Teraz prezes Agencji i nowe kierownictwo resortu obiecują, że szybko opanują panujący w Agencji bałagan i że nie będzie już marnowania czasu i pieniędzy podatników.