Powołany w 1992 roku Ekofundusz wspiera różnego typu przedsięwzięcia związane z ochroną środowiska. Zarządza środkami finansowymi pochodzącymi z zamiany części długu zagranicznego. Dysponując pieniędzmi krajów wierzycielskich, dofinansowuje w formie dotacji projekty, które w istotny sposób wpływają na stan środowiska naturalnego.
Ułatwia też przepływ na polski rynek najlepszych zagranicznych technologii, wspiera rozwój przemysłu ochrony środowiska. Wśród zadań realizowanych przez Fundusz jest między innymi program ochrony zagrożonych gatunków roślin i zwierząt. Działalność człowieka ma często negatywny wpływ na zmiany, które dokonują się w środowisku naturalnym, czego dowodem jest na przykład zmniejszanie się liczebności wielu gatunków roślin i zwierzą, a nawet wyginięcie niektórych z nich. Dzieje się tak wskutek skażenia środowiska przez przemysł, niszczenia siedlisk (np. przez osuszanie terenów bagiennych), chemizacji rolnictwa czy zmian w strukturze krajobrazu. Problemem jest też zanikanie ras zwierząt hodowlanych i odmian roślin użytkowych wypieranych z powodu intensyfikacji produkcji. Niektórych gatunków nie da się uratować, bez podjęcia specjalnych działań. Wiele mogą tu pomóc prowadzone od kilku lat przedsięwzięcia, których celem jest redukcja zanieczyszczeń powietrza i wód, co wpływa na poprawę stanu środowiska. A tym samym przywracanie ginącym gatunkom ich naturalnych siedlisk. Czasami potrzebne jest ich odtworzenie.
Do tej pory w ramach programów realizowanych przez Ekofundusz, prowadzonych głównie przez organizacje pozarządowe, zajmowano się bezpośrednią ochroną kilkudziesięciu gatunków zwierząt i roślin, umieszczonych na polskich i międzynarodowych listach zagrożonych gatunków. Dotowane projekty dotyczyły przede wszystkim ochrony miejsc rozrodu zwierząt (ptaków drapieżnych, bociana czarnego, żółwia błotnego, płazów), ochrony zimowisk nietoperzy, w przypadku roślin chodziło o przywrócenie ich naturalnych siedlisk. Tylko w ten sposób można uratować wiele ginących roślin i zwierząt czy zwiększyć ich liczebność.
Ekofundusz nadal wspiera działania, których celem jest zachowanie różnorodności biologicznej występujących w Polsce roślin i zwierząt. Chodzi o ochronę zagrożonych gatunków zamieszczonych w „Polskiej czerwonej księdze zwierząt” i na „Liście roślin zagrożonych w Polsce” oraz umieszczonych na międzynarodowych „czerwonych listach”. Pod szczególnym nadzorem jest zwłaszcza ochrona głuszcza i cietrzewia, sów, wodniczki, węża eskulapa, gniewosza plamistego, płazów, strzebli błotnej, owadów pszczołowatych i motyli, a także starych ras i odmian zwierząt i roślin.
W dziewiątej już edycji konkursu o dotacje na sfinansowanie przedsięwzięć w ramach programu ochrony zagrożonych gatunków roślin i zwierząt mogą wziąć udział społeczne organizacje ekologiczne, wojewódzcy konserwatorzy przyrody, dyrekcje parków narodowych i krajobrazowych oraz lasów państwowych, a także samorządy. Przy realizacji określonego projektu wskazana jest współpraca tych podmiotów, jak i zaangażowanie lokalnych społeczności. Priorytet będą miały projekty o randze regionalnej, które w istotny sposób będą wpływać na zachowanie zagrożonych gatunków w danym regionie czy siedlisku. Preferowane będą projekty dotyczące czynnej ochrony istniejących populacji gatunków. A ich wdrożenie powinno zapewnić długofalową ochronę danego gatunku. Przy ocenie konkretnego projektu dodatkowo będzie brany pod uwagę stopień zagrożenia danego gatunku w skali regionu, kraju i w skali międzynarodowej oraz skuteczność proponowanych działań.
Każde przedsięwzięcie będzie oceniane poprzez:
Przy ocenie stopnia przygotowania projektu pod uwagę będą brane:
Często dużym problemem przy realizacji projektu są stosunki własnościowe i związane z tym ograniczenia. W wyjątkowych sytuacjach Ekofundusz może wspierać również wykup gruntów (jedynie na rzecz skarbu państwa) w celu zapewnienia ochrony szczególnie wartościowym gatunkom. Z zastrzeżeniem, że wykup ten umożliwi podjęcie działań ochronnych. Nie będą finansowane prace badawcze, monitoring zanieczyszczeń, filmy o tematyce przyrodniczej oraz projekty dotyczące wyłącznie edukacji ekologicznej. Nagrody dla laureatów konkursu stanowią dotacje w wysokości do 80 proc. kosztów określonego przedsięwzięcia. Wnioski o przyznanie dotacji wraz z projektem należy składać (w dwóch egzemplarzach) w siedzibie Efofunduszu do 14 maja 2004 roku Nie będą rozpatrywane wnioski, w których planowane wsparcie ze strony Funduszu będzie niższe niż 50 tys. złotych.